Кафедра 1981 жылы Алматы мемлекеттік медициналық институтында құрылды. Бұл уақытқа дейін иммунология пәні республикамыздың ғана емес, Кеңес Одағының медициналық жоғары білім орындарында да оқытылмады. Кафедраның негізін қалаушысы – м.ғ.д., РТҒА акдемигі, ҚР профилактикалық медицина Академиясының академигі, ҚР білім беру Академиясының корреспондент мүшесі, профессор Шортанбаев Алихан Абжан ұлы.
Кафедра қызметкерлері республикадағы алғашқы «Клиникалық иммунология және аллергология» оқулығының, тарихтағы алғашқы қазақ тіліндегі «Иммунология» оқу құралының, 3 басылымдағы ҚР Білім және Ғылым Министрілігімен ұсынылған және еліміздің барлық медициналық жоғары оқу орындарында пән бойынша негізгі оқулық ретінде қолданылатын қазақ және орыс тілдеріндегі «Жалпы иммунология» оқулығының, иммунология бойынша анықтама-сөздіктің және бірқатар оқу-әдістемелік құралдардың авторлары.
Оқу үдерісінде инновациялық әдістер және оқытудың техникалық құралдары белсенді қолданылады. 20 астам оқу үдерісіне инновациялық технологияларды енгізу акты алынды. Жалпы иммунология пәнін оқытумен қатар кафедра қызметкерлері жоғары санатты «дәрігер аллерголог-иммунолог» ретінде Алматы қаласы және Алматы облысындағы клиникалық базаларда кеңестік қызметтерді белсене атқарады.
Иммунология кафедрасының ПОҚ-ы жоғары санаттылығымен ерекшеленеді. Қазіргі күнде кафедраның барлық қызметкерлерінде ғылыми дәреже бар. Кафедра қызметкерлері 500-ден астам ғылыми жұмысты басылымнан шығарды.
Профессор А.А.Шортанбаевтың жетекшілігімен Қазақстанда алғашқы болып гистосәйкестік антигендерімен бірқатар аураларға бейімділік арасындағы байланысты зерттеу бойынша иммунды генетикалық зерттеулер жүргізілді. Басқа бағыттар бойынша да ғылыми зерттеулер жүргізілуде: иммунды тропты препараттарға, вакциналар мен адаптогендер иммунды жауап берудің генетикалық детермининациясы, онкологиялық, жұқпалы және аллергиялық арулардың иммунды диагностикасы, иммунды коррекциясы және иммунды профилактикасының жаңа әдістері ғылыми негізделді. Соңғы он жылдықтың ішінде 9 ғылыми-техникалық жобалар орындалды.
Кафедра ұжымы болашаққа жарқын қарайды және қазіргі заманға сай деңгейдегі дәрігерлерді дайындауға қарқынды ат салысуда.