1952 жылға дейін ҚазММИ-де бес жылдық оқу бағдарламасы орын алған, сол себепті емдеу факультетінің 2 курсынан көшірілген студенттер үшін алғаш рет педиатриялық кафедралар ашылып, 1939 жылдың тамызы айынан бастап кафедра меңгерушілерін тағайындай бастады. Осылай, педиатрия факультеттің бала аурулар пропедевтикасы кафедрасының меңгерушісі болып бұрын Мәскеу қаласының бала емханасының бас дәрігері болып қызмет атқарған м.ғ.к. Константин Федорович Попов тағайындалды. Клиникалық базаларды ұйымдастырушы болып жас ассистент А.И. Авенирова болды. Бастапқыда оқу базасы болып Алма -аты қаласындағы Фрунзе ауданының және Пастер көшесінің қиылысы мен (Мақатаев көшесі) Красин көшесінде ( Валиханов) орналасқан № 1 бала кеңесіне жалғанып салынған шағын жалғама болды. Кеңес жалғамасында бар жоғы 25 төсектік орын сыйып, дәріс уақытында оның жартысы уақытша жылжытылып, балаларды сыртқа шығарып отырған. Нақтырақ «ҚазҰМУ (1938-1980) – де алғашқы педиатриялық кафедралармен және бала дәрігерлерін дайындау тарихы»https://kaznmu.kz/press/wp-content/uploads/2017/04/ сайтында айтылған.

2006 жылдан бастап білім берудің Болондық жүйесіне ауысуына байланысты студенттерге кредиттік технология енгізілді. Осыған орай 2014 жылы «Бала ағзасының ерекшеліктері» модулі құрылып (модуль жетекшісі м.ғ.к., доцент Измайлова С.Х.,), ол 27.05.2014 жылдын №11хаттамасы бойынша Ғылыми кеңесте құрылым бірлігі болып негізделді. Модуль сонғы екі жылда «Жалпы медицина» факультетінің 3 ші курс студенттерін оқытты. 2016 жылдың қазан айынан бастап №1 курсі болып (курс жетекшісі Абдуллаева Г.М., м.ғ.к., доцент), барлық педиатриялық кафедралардың (балалар инфекциясы мен балалар хирургиясы кафедрасынан басқа) бір құрылымға біріктірілуіне байланысты қайта құрылды. 2

016-2017 оқу жылында бала аурулары кафедрасының №1 курсы «Жалпы медицина» факультетінің 3 ші курс және «Халқаралық Медицина Факультетінің » студенттерін мемлекеттік, орыс және ағылшын тілінде оқуын қамтамасыз етті. Оқыту кредиттік технология бойынша жүргізілді (цикл).

2017 жылдың қыркүйек айынан Университеттің Ғылыми кеңесі шешімімен курс жеке «Бала аурулары пропедевтикасы» ( кафедра меңгерушісі Измайлова С.Х., м.ғ.к., доцент). кафедрасы болып өзгертілді.