«Клиникалық зертханалық диагностика» кафедрасының клиникалық базалары ҚР ДСМ кардиология және ішкі аурулар №2 ғылыми-зерттеу институтында, №7 қалалық клиникалық ауруханада,  №2 қалалық балалар ауруханасында, тері-венерологиялық ғылыми-зерттеу институтында және С.Ж.Асфендияров атындағы ҚазҰМУ-нің университеттік клиникаларында орналасқан.