Кафедраның ғылыми жұмыстары әртүрлі бағытта жүргізіледі. Негізгі тақырыптары:

• Қазіргі таңдағы кеуде және құрсақ қуысы ағзаларының хирургиялық ауруларының диагностикасы мен емдеу әдістерін қолдану,
• Хирургиялық инфекцияны емдеуде инновациялық әдістерді еңгізу,
• Хирургияда әлеуметтік маңызы бар науқастарды емдеу.

Кафедра қызметкерлері әржылы 50-ге жуық статьялар мен тезистер жариялап, кемдегенде 4 әр түрлі конференцияларға қатысады. Соңғы 5 жылда кафедра қызметкерлермен 10 ииновациялық патент алынған.

Соңғы 10 жылда кафедрада 5 докторлық және 12 кандидаттық диссертациялық жұмыстар қорғалды. 2010 жылдың аяғына дейін кафедрада 1 докторлық диссертациялық жұмыс қорғалды. Университеттің мерей тойы жылында кафедра «Балалар мен ересектердің іріңді хирургияның өзекті сұрақтары» тақырыбы бойынша мақалалар жинағымен бірге Халықаралық конференция жүргізілді.

2012ж. кафедра республикалық конференцияны өткізді «Новые технологии в хирургии для практического здравоохранения».

2013ж. кафедра республикалық конференцияны өткізді «Новые технологии в хирургии и травматологии».

2014ж. кафедраның 80 жылдығына орай және С.Ж. Асфендияровтың 125- жылдығына орай Халықаралық ғылыми-тәжрибелік конференцияны «Современные тенденции в развитии хирургии» өткізді.

2016 жылы қалалық  ғылыми-тәжрибелік конференцияны «Современные аспекты лечения гнойных осложнений синдрома         диабетической стопы» өткізді.

Кафедра құрылғаннан бері студенттердің ғылыми-жұмыс ұжымы жұргізіледі. Әр жылы ұжымында болашақта хирург болуын ниет білдірген студенттер қатысады. Қазіргі таңда ғылыми үйірмесіне әр түрлі мектептендермен студент қатысады. Унивеситеттің осы мерей тойы жылында кафедра студенттердің Ғылым күніне арнап баяндама дайындады. Баяндама 2-ші және 3-ші тур сайыстарынан өтті. Кафедра қатысқаны туралы сертификат алды.