Кафедра гистологии с курсом цитологии и эмбриологии организована в 1932 году. Кафедра в то время имела 7 микроскопов, 60 микропрепаратов и 2 учебные таблицы. В 1933 году кафедра получила собственное помещение площадью 40 м². Значительная работа по дальнейшей ее организации и улучшению преподавания была проделана З.Ф.Гусевой, назначенной в сентябре 1934 года зав.кафедрой. В 1937 году были утверждены первые штатные должности ассистентов, на которые пригласили А.В.Кирилличеву и И.С.Новик. С этого времени на кафедре начала проводиться научно-исследовательская работа. З.Ф.Гусева изучала патоморфологию эмбрионов человека при нарушении процессов развития под руководством проф. В.К.Белецкого (Москва), А.В.Кирилличева проводила исследования по пересадке роговой оболочки (руководитель – проф. В.П.Рощин). В период Великой Отечественной войны коллектив кафедры увеличился за счет педагогов, эвакуированных из центральных медицинских институтов. С 1941 г. по 1945 год работу кафедру возглавлял Л.И.Фалин, приехавший из Смоленска. Вместе с ним были приняты ассистенты В.В.Анисимова, М.Н.Ринчина, Е.Д.Пискунова. Под руководством Л.И.Фалина был существенно перестроен учебный процесс, на занятиях стали шире освещаться вопросы эволюционной гистологии и эмбриологии.

Профессор Фалин Л.И. прекрасно читал лекции, был требовательным экзаменатором и много времени уделял повышению квалификации и преподавательского мастерства сотрудников кафедры. Все преподаватели вели научно-исследовательскую работу. В 1943 году были защищены первые диссертации. Фалин Л.И. успешно защитил докторскую диссертацию на тему: «Морфология и патогенез тератоидных опухолей половых желез», в которой он предложил новую оригинальную теорию возникновения опухолей из гоноцитов. Ассистент А.В.Кирилличева защитила кандидатскую диссертацию на тему: «Пересадка роговой оболочки в условиях аутопластики». В 1944 году В.В. Анисимова защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата наук по морфологии периферической нервной системы, а в 1945 году ассистент Е.Д.Пискунова – на тему: «Изучение шейных лимфоузлов при туберкулезе».

После окончания войны и реэвакуации состав кафедры изменился, свободные должности были представлены молодым воспитанникам Казахского медицинского института – Е.П.Смирновой, Н.Н.Беляевой, Т.С.Пляскиной, заведовала кафедрой доцент Е.Г.Троицкая, переведенная с кафедры патологической анатомии. При ее непосредственном участии проводилась большая методическая работа по улучшению преподавания предмета, была расширена тематика лекций, составлены методические указания для практических занятий по каждому разделу программы. Кафедру перевели в новый учебный корпус, увеличилось количество учебных комнат, значительно пополнилась коллекция таблиц, микропрепаратов и число микроскопов.

С сентября 1959 года в связи с уходом доцента Е.Г.Троицкой на пенсию зав. кафедрой была избрана по конкурсу доцент А.В.Кирилличева. Она возглавляла кафедру до 1971 года. Наряду с организационной работой по оборудованию кафедры и подбором кадров А.В.Кирилличева большое внимание уделяла постановке учебного процесса: чтению лекций, проведению практических занятий и работе НСО. Ее лекции были насыщены большим фактическим материалом, морфологические особенности излагались в тесной связи с функцией и развитием организма. Кафедра приступила к освоению новых форм учебного процесса (программированный контроль).

В 1960 году А.В.Кирилличева защитила докторскую диссертацию на тему: «Динамика морфологических изменений в органах и тканях при истощении и восстановлении организма и влияние на эти процессы некоторых лекарственных веществ». В 1962 году кандидатскую диссертацию защитила ассистент Х.Х.Мусабаева, изучавшая влияние аскорбиновой и никотиновой кислоты на течение экспериментального силикоза, а в 1964 году – Е.П.Смирнова по возрастным особенностям селезенки у лабораторных животных.

Значительное внимание А.В.Кирилличева уделяла научному росту студенческой молодежи, и в течение ряда лет была руководителем студенческого гистологического кружка. Ею было подготовлено 3 аспиранта – Р.И.Юй, М.С.Калинина, Г.В.Федотовских, которые успешно защитили диссертации по общей тематике кафедры: «Цитологические и цитохимические исследования поджелудочной железы человека и животных в онтогенезе» (Р.И.Юй), «Влияние метионина на реактивные свойства соединительной ткани в эксперименте» (М.С.Калинина), «Морфо-гистохимические изменения в почках при воздействии некоторыхэкстремальных факторов» (Г.В.Федотовских).

1965 г. Одновременно была расширена и научно-исследовательская работа за счет включения в тематику таких вопросов, как гистогенез, реактивность тканей, регенерация, эволюционная динамика. Научная работа стала проводиться по единой проблеме «Общие закономерности морфогенеза и регенерации».

С 1971 г. по 1983 год кафедрой заведовала доцент Х.Х.Мусабаева, являющаяся воспитанницей Алма-Атинского государственного медицинского института. С ее приходом практические занятия стали проводиться по унифицированному плану, были пересмотрены и вновь составлены методические указания для студентов и преподавателей с учетом профилизации курса гистологии на лечебном, педиатрическом и стоматологическом факультетах. Под руководством доцента Х.Х.Мусабаевой сотрудники кафедры разрабатывали вопросы Д-витаминной недостаточности и аминокислотного дисбаланса, а также изучали влияние сбалансированного питания на гистогенез и структуру внутренних органов.

Одновременно доцентом Р.И.Юй проводились исследования по теме: «Комбинированное действие ионизирующего излучения и динамических факторов на морфо-функциональное состояние внутренних органов». Работа представлена в качестве докторской диссертации и успешно защищена в 1988 году.

С 1983 г. по 1998 год кафедрой заведовал доктор медицинских наук профессор А.С.Толыбеков, который прошел аспирантуру и докторантуру в Институте экспериментальной медицины (г.Ленинград). С его приходом коллектив кафедры начал изучать вопросы влияния факторов окружающей среды на организм, стала разрабатываться целевая комплексная программа «Фосфор», по которой было защищено 2 докторские и 2 кандидатские диссертации. Совместно с 1-ым Московским медицинским институтом сотрудниками кафедры были выпущены методические указания для студентов «Лабораторные занятия по курсу гистологии, цитологии и эмбриологии» (М., 1990 г.).

В 1989 году в КазНМУ началось обучение на государственном языке. В 1989-1990 и 1990-1991 учебных годах доценты Р.Б.Абильдинов и К.Ш.Баймухамбетов  проводили занятия и читали лекции на государственном языке. Начиная с 1991-1992 учебного года на государственном языке, начали проводить занятия доцент К.Е.Сисабеков и старший преподаватель Ж.О.Аяпова, а с 1993-1994 учебного года – преподаватель М.Г.Адилова.

В настоящее время на государственном языке успешно преподают доц. Р.Б.Абильдинов, ст. преп. Ж.О.Аяпова, преподаватель М.Г.Адилова, кандидаты наук Н.М.Тусупова, М.Ж.Ергазина, З.Н.Джангельдина, Б.К.Каниев и преподаватель Г.К.Есимова. За это время изданы на государственном языке учебники по общей и частной гистологии, атлас по гистологии, цитологии и эмбриологии, методические указания для студентов и разработки для преподавателей, методические разработки по профильным разделам частной гистологии для стом. фака и др. методические публикации.

Активную учебную, методическую и научную работу проводят на кафедре доц. М.С.Калинина, доц. С.А.Семченкова, ст. преп. Т.Ф.Кругликовская, преподаватели Т.А.Батурина и Л.И.Наумова.

С сентября 1998 года по сентябрь 2013 года  кафедрой гистологии заведовал профессор Р.И.Юй. Под его руководством кафедра  разрабатывала 2  научные проблемы «Цитологические аспекты суточных ритмов внутренних органов в условиях изменяющейся среды обитания» и «Реактивность слизистой оболочки полости рта в норме и при патологии», по которым подготовлено 4 кандидатские диссертации. Большое внимание на кафедре уделяется совершенствованию учебно-методической работы, за последние 2 года составлено более 1800 новых учебных и экзаменационных тестов, включая рисунки; написаны новые методические рекомендации для преподавателей по курсу частной гистологии. В 2003-2004 учебном году кафедра была признана лучшей в университете по учебно-методической работе.

Старшим преподавателем Ж.О.Аяповой  издан учебник по гистологии на казахском языке (2011 г.) и учебное пособие для преподавателей на казахском языке (2010 г.). Р.Б.Абильдиновым,  Ж.О.Аяповой и Р.И.Юй опубликован новый «Атлас по гистологии» на государственном и русском языках.Р.И.Юй и Р.Б.Абильдиновым (2009 г.)  издан «Атлас микрофотографий по гистологии, цитологии и эмбриологии для практических занятий на государственном, русском и английском языках (2012 г.). Кроме того, изданы учебные пособия «Тестовые задания по гистологии 1» (на 3-х языках)(2013 г.) и «Тестовые задания по гистологии-2» (на 2-х языках) (2011 г.).Р.И.Юй издал учебное пособие «Основы гистологии полости рта и зубов» на русском и казахском языках (перевод Ж.О.Аяповой) (2012 г.).  В 2015 году издан «Атлас по гистологии, цитологии и эмбриологии» на трех языках. Ж.О.Аяпова издала учебник «Гистологи-2», 2014 на казахском языке. В 2017 г издан учебник «Основы гистологии полости рта и зубов» на английском языке – автор Р.И.Юй и «Толковый словарь основных гистологических терминов на трех языках» — авторы Абильдинов Р.Б., Ергазина М.Ж., Юй Р.И.

1 сентября 2013 года заведующей кафедрой назначена доцент кафедры кандидат медицинских наук Ергазина Марал Жунусбековна. Она на кафедре гистологии работает с 1998 года. 2001-2004 г. аспирант кафедры, научный руководитель д.м.н., профессор Юй Р.И. В 2005 г. Ергазина М.Ж. успешно защитила кандидатскую диссертацию по специальности 03.00.25-гистология, цитология и клеточная биология на тему: «Цитофункциональный анализ суточного ритма десны в различные возрастные периоды». Всего за время существования кафедры сотрудниками выполнено и опубликовано свыше 1000 научных работ, из них 4 Атласа, 3 учебника, 26 монографий и учебных пособий, защищено 6 докторских и 23 кандидатских диссертаций; кафедра постоянно принимает активное участие в работе международных симпозиумов, конференций и съездов.

В 2024-2025 учебном году состоялась торжественная церемония открытия новой лаборатории кафедры гистологии.

Лаборатория кафедры преобразилась в современное учебное пространство. Лаборатория оснащена всем необходимым современным оборудованием: микроскопами, лабораторными столами, термостатами, холодильником и многим другим необходимым для работы. Эта модернизация открывает новые возможности для разностороннего обучения студентов. Будущее гистологического образования в КазНМУ связано с тренингом от Karl Zeiss. Преподаватели кафедры гистологии прошли специализированный тренинг от Karl Zeiss в рамках проекта  «Cовременная гистологическая лаборатория». В результате была налажена работа с новыми микроскопами и оборудованием, поступившим на кафедру.

Наряду с созданием гистологической лаборатории был организован цифровой класс нового поколения. Цифровой класс включает 12 микроскопов «Primo Star» и 1 для преподавателя «Axilob 5». Преимуществом цифрового класса является контроль, анализ иозображений в процессе интерактивных занятии через «Labscope». При этом сочетается индивидуальный и групповой подход к обучению.

Новые технологии делают изучение гистологии наглядным и эффективным.