Постановлением Правительства РК от 24 апреля 2006 года №317 была принята Концепция реформирования медицинского и фармацевтического образования Республики Казахстан. Согласно принятой Концепции подготовка специалистов с высшим медицинским образованием предусмотрена в рамках базового медицинского образования по специальности «Общая медицина». Для подготовки врачей по специальности «Общая медицина» был подготовлен государственный стандарт образования, в котором заложены основные компетенции выпускника.

В 2007 году был принят первый набор студентов в университет по специальности «Общая медицина». Для реализации и внедрения в учебный процесс нового поколения ГОСО и был создан факультет общей медицины.