Постановлением Правительства РК от 24 апреля 2006 года №317 была принята Концепция реформирования медицинского и фармацевтического образования Республики Казахстан. Согласно принятой Концепции подготовка специалистов с высшим медицинским образованием предусмотрена в рамках базового медицинского образования по специальности «общая медицина «. Для подготовки врачей по специальности «общая медицина» был подготовлен государственный стандарт образования, в котором заложены основные компетенции выпускника.
В 2007 году был принят первый набор студентов в университет по специальности «общая медицина». Для реализации и внедрения в учебный процесс нового поколения ГОСО и был создан факультет общей медицины.

Для организации образовательного процесса по специальности «общая медицина» приказом ректора № 874-л от 2.09.2007 г. был создан деканат факультета общей медицины. Штат деканата состоял из декана, трех ставок заместителей декана и одной ставки секретаря. Деканом факультета была назначена к.б.н., доцент Джумашева Рахима Тажибаевна. Ее заместителями были Кашаганова К.Т., Байгамысова Д.С., Мусаева Г.А., Нуралиева У.А., секретарь Айтбаева М.

Согласно приказу ректора №312 от 24.09.07 года был создан Ученый совет факультета общей медицины, в его состав по приказу №23 от 28.08.07 года «О закреплении кафедр за факультетом» входили, такие кафедры как кафедра нормальной физиологии с курсом валеологии, гистологии, нормальной анатомии, молекулярной биологии и генетики, медицинской биофизики, информатики и математической статистики, казахского языка, русского языка химии, коммуникативных навыков, психотерапии, основы общей и клинической психологии.

В настоящее время факультет общей медицины является одним из ведущих факультетов университета.

В числе профессорско-преподавательского состава факультета известные ученые: академик НАН РК зав.кафедрой нормальной анатомии А.Р.Ракышев, заслуженный деятель науки, профессор кафедры нормальной физиологии Сатпаева Х.К., профессора, доктора медицинских наук Соколов А.Д., Абишева З.С., Куандыков Е.У., Юй Р.И., Асимов М.А., Есенжанова Г.М., Хамзин А.Х., Пичхадзе Г.М., Нурмухамбетов А.Н., Иржанов С.И. и многие другие.

На кафедрах факультета общей медицины работают 331 преподавателей из которых 29 докторов наук, 117 кандидатов наук; 3670 студентов обучаются на казахском, русском и английском языках.

В состав факультета общей медицины входят 14 кафедр, возглавляемые известными профессорами и доцентами:

1. А.Р.Ракышев — академик НАН РК, заведующий кафедрой нормальной анатомии, д.м.н., профессор.

2. Г.М.Есенжанова — заведующая кафедрой пропедевтики внутренних болезней с курсом здорового и больного ребенка, д.м.н., профессор.

3. Р.И.Юй — заведующий кафедрой гистологии, д.м.н., профессор.

4. А.Хамзин — заведующий кафедрой визуальной диагностики, д.м.н., профессор.

5. Е.О.Куандыков — заведующий кафедрой молекулярной биологии и генетики, д.м.н., профессор.

6. А.Д.Соколов — заведующий кафедрой нормальной физиологии с курсом валеологии, д.м.н., профессор.

7. А.Н.Нурмуханбетов — заведующий кафедрой патологической физиологии, д.м.н., профессор.

8. С.И.Иржанов — заведующий кафедрой патологической анатомии с курсом судебной медицины, д.м.н., профессор.

9. Г.М.Пичхадзе — заведующий кафедрой фармакологии, д.м.н., профессор.

10. Г.Ж.Капанова — заведующая кафедрой общей хирургии с курсом анестезиологии, реаниматологии, к.м.н., доцент.

11.М.А.Асимов — заведующий кафедрой коммуникативных навыков,основы общей и клинической психологии, д.м.н., профессор.

12. М.О.Нурмаганбетова — заведующая кафедрой медицинской биофизики, информатики и математической статистики, к.т.н., доцент.

13. У.А.Жанпеисова — заведующая кафедрой русского языка, д.п.н., профессор.

14. С.Қ.Суатай — заведующий кафедрой казахского языка, к.ф.н., доцент.

В составе штата деканата: декан Джумашева Р.Т., заместители декана: Мусаева Г.А., Турсынбаева Р.А., Кашаганова К.Т., Абдыкалыкова А.И., Наккажина С.Х., Бейсегулова Г.Н., Тусупбекова С.К. Секретари – Айтбаева М.А., Маймакова А.М.

В 2009 году впервые в истории университета состоялись выборы деканов. Большинством голосов деканом факультета общей медицины была избрана Джумашева Рахима Тажибаевна.

Со дня основания, работа факультета направлена на реализацию Программы развития факультета в соответствии с требованиями времени и Стратегии развития КазНМУ, а также проведение комплекса мероприятий во всех направлениях для того, чтобы сделать факультет флагманом, укрепить у студенчества чувство патриотизма, профессиональный интерес и мотивацию к обучению.