Кафедра основана в 1981 году в Алматинском государственном медицинском институте. До этого времени иммунология не преподавалась в медицинских ВУЗах, не только республики, но и всего Советского Союза. Основатель кафедры — д.м.н., Академик РАЕН, Академик академии профилактической медицины РК, член-корреспондент Академии образования РК, профессор Шортанбаев Алихан Абжанович.
Положительный опыт преподавания на курсе, а также возрастающая значимость иммунологии как науки позволили преобразовать курс в кафедру иммунологии и аллергологии в 1995 году.
Традиционно обязательным компонентом преподавания на кафедре иммунологии является сопровождение всего учебного процесса соответствующим методическим материалом. Сотрудники кафедры являются авторами первого в республике учебника «Клиническая иммунология и аллергология» (Белозоров Е.С. Шортанбаев А.А., Мошкевич В.С., 1992 г.), первого в истории учебного пособия на казахском языке «Иммунология» (Шайкенов Т,Е., 1994 г.), учебника «Общая иммунология» на русском и казахском языках (Шортанбаев А.А., Кожанова С.В., 2008 г.), словаря-справочника по иммунологии (Шортанбаев А.А., Кожанова С.В., 2012 г.) и 53 учебно-методических пособий по всем темам дисциплины на казахском и русском языках. Третье дополненное и переработанное в свете новейших достижений в области иммунобиологии издание учебника «Общая иммунология» рекомендовано МОН РК.
Кафедра успешно внедрила кредитную технологию обучения студентов. В учебном процессе применяются инновационные методы, активно используются технические средства обучения. В 2012-2013 учебном году на базе кафедры был организован компьютерный класс. В базе данных компьютерного класса кафедры собраны все необходимые методические материалы, обучающие программы и фильмы, в том числе авторские. Компьютерный класс активно используется как для самостоятельной работы студентов, так и для проведения текущего и рубежного контролей. Наряду с преподаванием курса общей иммунологии сотрудники кафедры, являясь врачами высшей категории по специальности «врач аллерголог-иммунолог» активно оказывают консультативную помощь по всем клиническим базам г. Алматы и Алматиской области.
На кафедре интенсивно ведется научно-исследовательская работа. Традиционно кафедра иммунологии характеризуется высоким показателем остепененности ППС. Сотрудниками кафедры опубликовано более 500 научных работ.
Впервые в Казахстане под руководством А.А. Шортанбаева в начале 1990-х годов начались иммуногенетические исследования по изучению связи антигенов гистосовместимости с предрасположенностью к целому ряду заболеваний с учетом влияния факторов окружающей среды на состояние иммунной системы человека. Эти исследования нашли свое продолжение и развитие в исследованиях по изучению и классификации экологических иммунодефицитов в Казахстане, в частности, по изучению взаимосвязи между цитокиновым статусом населения в экологически неблагоприятных регионах со спецификой заболеваемости населения. Тем самым были заложены основы иммуноэкологического направления научных медицинских исследований в Республике.
Ведутся исследования и по другим направлениям: по проблемам генетической детерминированности иммунного реагирования на иммунотропные препараты, вакцины и адаптогены; по разработке новых схем иммунодиагностики, иммунокоррекции и иммунопрофилактики целого ряда заболеваний, в том числе, онкологических, инфекционных, аутоиммунных и аллергических.
Профессорcко-преподавательский состав кафедры постоянно повышает свой уровень квалификации, преподаватели регулярно обучаются по специальности и по технологиям современного образования на курсах повышения квалификации как внутри страны, так и в ведущих зарубежных центрах – Медицинская Академия последипломного образования г. Санкт-Петербург, ГНЦ Институт иммунологии г. Москва, Зальцбургские семинары (Австрия) и т.д. Особое внимание кафедра обращает на внедрение политики трехъязычия в Университете, постоянное повышение уровня владения профессиональным русским, казахским и английским языками. Практически все преподаватели преподают на трех языках на высоком профессиональном уровне.
Коллектив кафедры с оптимизмом смотрит в будущее и прилагает все усилия в деле подготовки врачей современного уровня.