Кафедра патологической анатомии организована в 1933 году, коллектив ее тогда состоял из трех сотрудников: профессора Н.Э. Глеклер и двух ассистентов — Е.А. Троицкой и Я.Е. Ланда. Этот небольшой коллектив активно создавал коллекцию макро- и микропреператов по общепатологическим процессам и важнейшим заболеваниям органов и систем человека. Проводилось углубленная методическая работа по структуризации лекционного материала и практических занятий по общему и частному курсу патологической анатомии. В 1934-1938г.г. заведующим кафедрой являлся доцент Б.Ф. Малышев, который представлял Ленинградскую школу патологоанатомов. Первыми аспирантами кафедры были А.И. Зикеева и С.Ф.Серов. В последующем доцент А.И. Зикеева организовала кафедру патологической анатомии в Алма-Атинском институте усовершенствования врачей МЗ СССР. Профессор С.Ф.Серов долгие годы заведовал лабораторией патоморфологии в НИИ онкологии им. Н.Н.Петрова в г. Ленинграде. С 1938 года кафедрой заведовал доцент П.П. Очкур, представитель Харьковской школы патологоанатомов. П.П. Очкур возглавил исследования по морфологии инфекционной патологии и онкологии в Казахстане. Им была опубликована в 1960 году уникальная монография, посвященная морфологическим изменениям при бруцеллезе, которая стала широко известной как в стране, так и за рубежом. Результаты его исследований по бруцеллёзу были представлены в изданном в Берлине руководстве по патологической анатомии в 1966 году. С 1956 года по инициативе П.П.Очкура на базе кафедры патологической анатомии АГМИ активно работало городское научное общество патологоанатомов. В последующие годы кафедрой руководили ученики П.П. Очкура — доцент А.И Кондратенко (1969-1970, 1973-1974гг.), профессор Ф.Я. Яглинский (1972г.).
Халида Сафиевна Нугманова – д.м.н., профессор, руководила кафедрой в течение 15 лет с 1975 по 1990гг. И за время ее работы на кафедре научным направлением кафедры стала патология легких.
Самигулла Ибатуллаевич Иржанов – заведовал кафедрой с 1990г. по 2010г., д.м.н., профессор, врач высшей категории. Приоритетными научными направлениями кафедры в этот период были онкоморфология и инфекционная патология.
Юлия Сиязбековна Исмаилова — заведовала кафедрой патологической анатомии с 2010 года по февраль 2013 г., д.м.н., профессор, врач высшей категории. Научные интересы кафедры: перинатальная патология, вирусные инфекции, детская патология.
Айгуль Дюсекешевна Сапаргалиева – заведовала кафедрой патологической анатомии с 2013 года по сентябрь 2017 г., д.м.н., профессор, врач высшей категории. Научные интересы кафедры: «Врожденные пороки сердца», проводила авторский курс «Экспертная оценка медицинских документов».
По данным научным направлениям были защищены 20 кандидатских диссертации и 2 докторские диссертации под руководством профессора С.И.Иржанова и профессора Ю.С.Исмаиловой. Докторские и кандидатские диссертации защитили сотрудники кафедры д.м.н. Ю.С.Исмаилова, д.м.н., к.м.н А.Е.Нартаева, к.м.н. М.К. Серикбай, к.м.н. А.Х. Балапанова.
С 2017-2018 учебного года названы кафедрой патологической анатомии с курсом судебной медицины. Обучение проходит на казахском, русском и английском языках, форма обучения – линейная и цикловая.
С февраля 2018 года кафедра переехала в корпус №8, который располагается на ул.Жамакаева 99 (микрорайон Горный Гигант). Площадь, выделенная под учебные классы, находятся на 2, 3 этажах, составляет 338,8 кв.м.
C 2017 года по настоящее время заведующим кафедрой является кандидат медицинских наук, врач-патологоанатом высшей категории Балапанова Анар Хайржановна.