Впервые кафедра педиатрии организована 8 декабря 1939 году.
В 1941 году на педиатрический факультет с лечебного факультета переводятся, впервые 8 студентов и в 1943 году кафедра обеспечила первый выпуск врачей-педиатров.
Кафедра госпитальной педиатрии была организована в 1952 году, кафедра факультетской педиатрии в 1953 году. Возглавляла эти кафедры также заслуженный врач КазССР, профессор Авенирова А.И.
Первыми преподавателями кафедры были доценты к.м.н. И.В.Вовнянко, Е.А.Трейлих, к.м.н. А.Г.Медведева, врачи Н.Ярочкина, С.Жуйко, Ф.Хасанова, Л.Спивак, Н.Львова. Первыми аспирантами были В.А.Лебедева, А.Ш.Исмагилова, А.М.Толманова, Г.А.Балахонова, которые, защитив кандидатские диссертации, стали ассистентами, доцентами педиатрических кафедр.
С 1971 по 1991 год кафедру госпитальной педиатрии возглавляла заслуженный врач КазССР, профессор Н.А.Барлыбаева
В 1991 году кафедру детских болезней №1, а с 1999 г. объединенную кафедру детских болезней возглавил заслуженный врач КазССР, профессор Б.Х.Хабижанов.
С 1999г. в кафедру детских болезней вошли ранее функционировавшие отдельно кафедра детских болезней лечебного факультета и кафедра поликлинической педиатрии. Последние две кафедры в 2003 году и 2006 г.г. вновь были отделены в самостоятельные.
Одновременно в 1992 году была организована кафедра интернатуры для педиатров, преобразовавшаяся в дальнейшем в кафедру детских болезней. Со дня основания до сентября 2010 г. кафедру возглавляла доктор медицинских наук, профессор МажитоваЗ.Х.
С 2011-2012 учебного года заведовала кафедрой детских болезней №1 доктор медицинских наук Орынбасарова К.К.
С 2014 по 2016 уч. годы кафедру интернатуры и резидентуры по педиатрии №2 возглавляла к.м.н. Нургалиева Ж.Ж.
Кафедра интернатуры и резидентуры по педиатрии №2 является преемником кафедр факультетской и госпитальной педиатрии. Учебно-клинической базой кафедры является республиканский Научный Центр педиатрии и детской хирургии МЗРК.
Одновременно сотрудники кафедры обучают студентов и на базах детских городских клинических больниц и многопрофильной областной больницы.
Важной вехой в истории кафедры и всей отечественной педиатрии стало издание в 1997 году первого учебника на казахском языке “Балалараурулары”, в 2005 г. учебника «Педиатрия» под авторством проф. Б.Х.Хабижановаи доц., С.Х Хамзина, в настоящее время кафедра выпустила 3-е издание учебника на государственном языке, утвержденное МОН РК. Каферой разработаны 12 типовых программ по специальности «Педиатрия» (1997, 2000, 2003г.г.) для Высших медицинских учреждений Республики