Клиническими базами кафедры являются:

• КазНИИ кардиологии и внутренних болезней (Айтеке би 112)
• Университетская Клиника НАО НМУ (ул. Райымбека 50А)
• ГКБ №1 (Калкаман, ул.Ашимова), МЦ Медиттера (Жамакаева 254)

Gо клинической работе показал значительную активность сотрудников кафедры в оказании лечебно-консультативной помощи на клинических базах и в лечебных учреждениях города. В отчетном году проконсультировано и проведено курации в общем объеме — 7041, лечебная работа сотрудников выполнено в полном объеме. Кафедра пульмонологии имеет специалистов пульмонологов и торакальных хирургов высшего класса, с учеными степенями. Однако, раскрыть весь свой потенциал в полной мере мешают ряд объективных причин, главное из которых разрозненность кафедры. Планировали создать единый Респираторный центр на базе НИИ кардиологии и внутренних болезней, согласно плану мероприятий Дорожной карты по улучшению пульмонологической помощи населению РК. Разработан план и положение Респираторного центра, представлено и доложено руководству НИИ кардиологии и внутренних болезней